На 32 разрядной Linux архитектуре мои сборки не работают с собственными значениями. Пришлось использовать не собранную мной библиотеку ARPACK/LAPACK, а готовуя из дистрибутива Centos 6/32). Полученный ccx работает корректно:
http://mud.kharkov.org/files/1/ccx_2.8p2
На 64-bit линуксах и на 32/64 Винде (cygwin) такие глюки не наблюдаются
Вот .inp файлы, для просчета которых нужно вычисление собственных чисел и на которых могут проявляться эти глюки